Durante su trayectoria como militar, el general fue oficial de Inteligencia y participó en el interrogatorio donde murió Aldo Perrini.
Pedro Barneix ingresó al Ejército el primero marzo de 1963 en el arma de Infantería. En marzo de 1964 participó en el interrogatorio a Aldo Perrini en el Batallón 4 de Colonia, en el cual el comerciante de Carmelo falleció como consecuencia de las torturas, según señaló la fiscal del caso Perrini. Barneix ascendió a mayor en 1981 con destino al Instituto Militar de Estudios Superiores, estuvo en Inteligencia del Ejército, ahí trabajaba en 1993 cuando se produjo el asesinato en Uruguay del bioquímico y agente de la dictadura chilena Eugenio Berríos.
Llegó a general en 2003 durante el gobierno de Jorge Batlle y fue designado como jefe de la Dirección Nacional de Inteligencia del Estado. En 2004 fue jefe de la División de Ejército 2004. En 2005 a pedido del presidente Tabaré Vázquez, junto al general Carlos Díaz, elaboró el informe sobre desaparecidos donde se admitió la desaparición forzada de 25 uruguayos. En ese informe se estableció, equivocadamente, el lugar donde estaban los restos de María Claudia García de Gelman en el Batallón 14.
