En 2001 se hundió un helicóptero Wessex AN-083 y falleció un suboficial de segunda; en 2004 murieron un coronel y un capitán, y en 2008 fallecieron otros dos tripulantes en una aeronave Pilatus PC-7.
El 2 de marzo del 2001 se hundió en el Océano Atlántico, muy cerca de Rocha, el helicóptero de la aviación naval Wessex AN–083. Allí perdió la vida el suboficial de segunda Felix Núñez quien, aparentemente, quedó atrapado en la máquina. La unidad había acudido al llamado de una embarcación española que había solicitado ayuda médica por un ataque cardíaco a uno de sus tripulantes. Se supone que el piloto se desorientó porque había mucha niebla, el helicóptero dio una vuelta campana completa y se precipitó sin control sobre el Océano Atlántico.
El 31 de enero del 2004 falleció el comandante de la Brigada Aérea Nº2 de Durazno el coronel Hebert Tomé, de 47 años, y el jefe de operaciones del escuadrón aéreo Nº2 de caza, el capitán Gustavo Varela, que tenía 36 años. El avión, que era un Cessna A-37 B Dragonfly iba a participar en el acto de asunción del flamante comandante en Jefe, Enrique Bonelli, pero se precipitó a tierra el día anterior en Florida. El avión viajaba a Montevideo para formar parte del desfile militar en Boiso Lanza, no pudo aterrizar por el mal tiempo en Carrasco y tuvo que volver por orden a Durazno. El accidente sucedió en ese momento. La Fuerza Aérea atribuyó el accidente a las condiciones meteorológicas pero la viuda de Tomé, que se llama María del Pilar Fontes, considera que hubo negligencia y responsabilidad de la Fuerza Aérea en las condiciones del avión, por eso hizo una denuncia civil ante la Justicia, aunque su caso fue archivado.
El 21 de febrero del 2008 fallecieron dos tripulantes en una aeronave Pilatus PC–7. Era un vuelo de entrenamiento. El avión se precipitó a tierra cerca del aeropuerto Santa Bernardina de Durazno y fallecieron el teniente segundo Diego Silveira Lujambio y el alférez Jonathan Martínez Méndez. El accidente se produjo porque una cigüeña se estrelló contra el parabrisas de la aeronave.
