También se sortearon los cruces de Plaza Colonia, Wanderers y Fénix.
En la Zona Sur de la Copa Sudamericana 2016, los rivales serán:
En la Zona Norte del torneo se cruzarán:
Si Fénix gana, se enfrentará con el ganador de Universidad Católica de Chile-Real Potosí. Si Peñarol pasa de ronda, su rival será el ganador de Universidad Católica de Quito e Independiente Medellín. En el caso de Plaz Colonia, su rival hipotético saldría de Júnior de Barranquilla-Deportivo Lara venezolano, y en el de Wanderers, el rival posible saldría de Barcelona de Guayaquil y el Zamora, también venezolano.
