Durante su gestión se llevó adelante la reforma policial, que implicó un incremento de casi 200% del salario de los efectivos en términos reales, se redujeron las horas habilitadas para el 222, y se buscó aumentar la formación de los policías.
Los diez años que Eduardo Bonomi estuvo al frente del Ministerio del Interior (2010-2020) marcaron la política de seguridad de los gobiernos de izquierda, y buena parte de los cambios que impulsó, permanecen aún hoy.
Fue durante su gestión que se llevó adelante la reforma policial, que implicó un incremento de casi 200% del salario de los efectivos en términos reales, se redujeron las horas habilitadas para el 222, y se buscó aumentar la formación de los policías.
Se empezó a trabajar la seguridad en base a zonas operaciones, más extensas que las seccionales, desde las que se llevaba adelante la investigación de delitos y se coordinaba el patrullaje. También se creó la Dirección Nacional de Investigaciones, encargada de coordinar las acciones de Interpol, Crimen Organizado, Narcóticos y los distintos equipos de investigaciones de las jefaturas de todo el país.
Fue durante la gestión de Bonomi que se creó la Guardia Republicana, un grupo policial de elite con alcance nacional y que depende directamente del director Nacional de Policía.
Se creó el Programa de Alta Dedicación Operativa, más conocido como el PADO, que permitió tener efectivos dedicados durante horarios más extensos a patrullar en aquellos puntos donde se producen más delitos.
Se instalaron miles de cámaras de seguridad en todo el país y se creó una unidad para su monitoreo en tiempo real, a la vez que se adquirieron helicópteros para la creación Unidad Aérea de la Policía Nacional.
Además se llevó adelante la reforma del sistema penitenciario, con la creación del Instituto Nacional de Rehabilitación y se dispuso que sean operadores penitenciarios, civiles abocados a tareas de reinserción de los privados de libertad, quienes estén en contacto directo de los presos.
Pero su gestión también estuvo marcada por polémicas. Los homicidios y las rapiñas prácticamente se duplicaron, razón por la que fue interpelado en el Parlamento nueve veces (siete al frente de Interior, dos en Trabajo), un récord desde el retorno a la democracia. Desde la oposición se le pidió la renuncia en varias ocasiones, pero nunca cedió.
En julio de 2010, cuando llevaba apenas unos meses al frente de la cartera, un incendio en la cárcel de Rocha se cobró la vida de 12 presos, un hecho por el que nadie fue sancionado penalmente.
Hechos como la fuga del mafioso Italiano Rocco Morábito en junio de 2019 también dejaron huella en su gestión. En una entrevista a Búsqueda confesó que tras la huida del delincuente ofreció su renuncia al entonces presidente Tabaré Vázquez, la que finalmente fue rechazada.
Bonomi fue uno de los jerarcas más cuestionados por el actual oficialismo durante los últimos dos mandatos de la izquierda. La seguridad pública fue durante años la principal preocupación de los uruguayos según las encuestas, y muchos analistas y políticos apuntan a este tema como una de las principales aristas para el triunfo de la coalición en 2019.
El "Bicho", como lo apodaban sus compañeros, dejó el cargo el 14 de febrero de 2020, para asumir su banca en el Senado, tarea que realizaba hasta su fallecimiento este domingo.