En una primera instancia, el Ministerio del Interior había informado que el recluso murió por una herida de arma blanca en un enfrentamiento, pero un informe de Juan Miguel Petit señaló que la muerte se produjo en otras circunstancias.
Sobre las 22:00 horas del 9 de octubre se generaron incidentes en el piso 3 del Penal de Libertad. Horas más tarde, el recluso Carlos Alberto Núñez Santos murió. Según el informe preliminar del INR, Núñez había recibido una puñalada con un corte carcelario.
El comisionado de cárceles, Juan Miguel Petit, inició una investigación y concluyó que la muerte se debió a una herida de bala con munición no letal que provenía del arma de un funcionario. Petit estableció además que el recluso no recibió la atención médica correspondiente:
Petit: “Hubo procedimientos mal hechos, mal hecho ese disparo, mal hecha la atención, mal hecha la investigación primaria y mal hecha la versión sobre lo que había pasado”.
El Ministerio del Interior, por su parte, realizó su propia investigación interna y concluyó que las sospechas de Petit eran correctas, por lo que separó del cargo a tres funcionarios del penal. Según el ministro, el error partió del informe presentado por INR. El 30 de noviembre fue cesado el entonces director de cárceles, Gonzalo Larrosa, aunque el comunicado oficial no especificaba los motivos del cese.
