En el congreso del FA de 2003, había defendido la posición de no incluir en el programa del partido la derogación de la ley.
Fernández Huidobro intervino en la mayor fuga del Penal de Punta Carretas, en setiembre de 1971, de la que participaron 111 presos. Permaneció recluido hasta marzo de 1985; la mayor parte del tiempo en durísimas condiciones.
Luego del restablecimiento democrático y de la inserción del MLN en la vida política, Fernández Huidobro mostró un particular interés por las Fuerzas Armadas y después del plebiscito de 1989, que confirmó la Ley de Caducidad, se opuso a la anulación y a la derogación de esa norma.
En el congreso del Frente Amplio, previo a las elecciones ganadas por Tabaré Vázquez, encabezó en áspero debate la línea contraria a la derogación, que entonces resultó triunfadora.
“Este es el congreso de la victoria, compañeros. Y a todo se puede renunciar menos a la victoria. No le haríamos ningún favor y a nuestro pueblo y a los que pasan hambre hoy, arriesgando con una torpeza política como la que se nos propone; la victoria está allí, hoy al alcance de la mano”, afirmó en aquel entonces.
Dejó su banca en el Senado luego de que el Frente Amplio aprobara la anulación de la ley.
